学院办公室是在学院行政领导下负责完成日常行政工作的综合办事机构。青海湟源畜牧学校杨广泉为办公室主任，杨军为副主任。2004年6月，学院人事机构改革中，在原办公室总务科、保卫科的基础上，组建了新学院办公室，共有工作人员22人。由杨予海院长主管，杨军同志任办公室主任，朱宝元、张进国任副主任，下设保卫科、财务室、小车班。
学院办公室除负责学院行政日常事务的综合协调，组织学院行政办公会议及全院性会议等工作以外，还负责学院固定资产及车辆的管理维修和使用安排；负责学院财务、基建、综合治理、安全保卫等;监督学院的医疗卫生及医疗保险、学院的膳食等工作；负责接待上级领导机关或院外兄弟单位的领导同志来校视察访问等工作；为充分发挥学院办公室的 “枢纽”功能，提高服务和管理水平。
近年来，办公室除面向院内外进行信息宣传，塑造学院的形象外，还加强了制度建设，制定和完善了《学院校发文件与处室(系)文件发文制度》、《学院车辆管理办法》等20余项制度。同时，积极推进学院电子政务建设，加快了学院办公信息化、自动化、现代化进程。
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