动物科学系目前有四个专业，即畜牧兽医专业、动物生产专业、畜产品加工专业、农机维修专业。其中畜牧兽医专业为省级重点专业，省级高职示范专业。
畜牧兽医专业
培养目标 ：本专业培养从事动物疾病诊治、预防技术和畜禽饲养生产管理、家畜改良、动物防疫与检疫、兽药生产与监测等畜牧兽医专业生产第一线的高级技术型、应用型人才。
课程设置 ：家畜解剖学、家畜生理学、动物微生物、家畜遗传育种、家畜繁殖、动物营养与饲料、禽生产技术、猪生产技术、牛生产技术、羊生产技术、动物普通病、家畜环境卫生与牧场设计、动物防疫与检疫、生物统计附试验设计。
实训条件 ： 本专业现设有中心分析实训室、动物遗传繁育实训室、动物微生物与传染病实训室、内诊实训室、病理实训室、药理实训室、动物生产实训室、畜产品加工实训室、解剖生理实训室、畜牧机械实训室等 10 个实训室和家畜（牛）改良站、实习病院、养殖实训牧场 3 个校内实训基地和青海省三角城种羊场等 20 个校外实训基地。保证了教学和学生实践技能训练；同时，家畜改良站、实习病院、实习牧场作为学院为“三农”服务的窗口单位，还承担为学院附近农民群众进行科普宣传、畜禽疾病诊疗、良种推广、畜种改良等服务工作。
动物生产专业
培养目标 ：本专业培养具备畜牧方面的基本理论、基本知识和技能，能在与动物生产相关领域和部门从事技术与设计、推广与开发、经营与管理的技术型人才。
课程设置 ：动物营养与饲料、家畜解剖学、家畜生理学、禽类生产技术、猪生产技术、牛生产技术、羊生产技术、家畜繁殖、家畜环境卫生与牧场设计、动物疫病防治技术、生物统计附试验设计、家畜遗传育种。
实训、实训条件 ：本专业现设有中心分析实训室、动物遗传繁育实训室、微生物实训室、内诊实训室、动物生产实训室、畜产品加工实训室、解剖生理实训室、农牧机械实训室和家畜（牛）改良站、实习病院、实习牧场 3 个校内实训基地，保证了教学和学生实践技能训练；同时，家畜改良站、实习病院、实习牧场作为学院为“三农”服务的窗口单位，还承担为学院附近农民群众进行科普宣传、畜禽疾病诊疗、良种推广、畜种改良等服务工作。
畜产品加工专业 ：
培养目标 ：培养具有乳品、肉品和蛋品专业技术知识和能力，能从事畜产品科学研究、新产品开发、深加工和动物食品品质检测等方面的工作的高级专门技术人才。
课程设置 ：食品化学、食品微生物学、食品工程原理与机械设备、动物性食品理化检验、肉制品加工工艺学、乳制品加工工艺学、蛋品加工工艺学、毛皮与制革工艺学、食品企业经营管理等。
实训、实训条件：本专业现设有中心分析、食品卫生检验、畜产品加工等实训室和校外实训基地，保证了教学和学生实践技能训练。
就业方向 ：毕业生主要面向大型畜禽养殖企业的屠宰加工厂和熟制品加工厂、食品卫生检疫部门等工作岗位，从事食品工程设计、食品加工操作、食品卫生检疫、食品新工艺研究、新型食品添加剂研究及推广应用等工作。
农机维修专业 ：
培养目标 ：培养从事农业机械使用、维修和农机化经营管理工作的中等技术人才。经该专业知识的学习和实践技能训练，能从事农业机械的使用、维修和农机经营管理，以及从事民用机械的使用和维修等技术工作。
课程设置 ：机械制图、工程力学、工程材料与加工工艺、拖拉机汽车构造、农业机械学、内燃机原理、电机学、汽车拖拉机驾驶技术、汽车拖拉机修理工艺、农机维修工艺、企业经营管理、电机维修、公关礼仪等必修课程；畜禽生产机械、农村实用电工学、板金工技术、畜产品加工机械、创业与就业指导、农机推广、草原机械、家电维修等选修课程。
实训、实训条件：本专业现设有专门的畜牧机械实训室和校内汽车队、牧场饲料加工厂等校内实训基地和多个校外实训基地，保证了教学和学生实践技能训练。